Основными научными направлениями ФГБНУ «Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека» в настоящее время являются:
изучение патогенетических механизмов формирования нарушений репродуктивного здоровья семьи и разработка новых медицинских технологий сохранения репродуктивного потенциала и восстановления репродуктивного здоровья;
изучение психофизиологических и клинических особенностей формирования психосоматической патологии у детей и подростков, разработка новых технологий ранней диагностики, профилактики, лечения и реабилитации;
эколого-эпидемиологические и молекулярно-биологические особенности наиболее социально и эпидемиологически значимых инфекций Восточной Сибири и разработка эффективных методов диагностики, лечения и управления инфекционной заболеваемостью.