В состав Научного центра входят 3 отдела, 1 институт и 14 лабораторий:
Отдел педиатрии (руководитель — д. м. н., член-корр. РАН Рычкова Любовь Владимировна)
Отдел персонализированной и профилактической медицины (руководитель — академик РАН, профессор, д. м. н. Колесникова Любовь Ильинична)
Отдел охраны репродуктивного здоровья (руководитель — д. м. н., профессор Сутурина Лариса Викторовна)
Институт эпидемиологии и микробиологии (руководитель — д. м. н. Огарков Олег Борисович)