Лаборатория молекулярной эпидемиологии и генетической диагностики

Руководитель лаборатории
доктор медицинских наук Козлова Ирина Валерьевна

В 2010 году в отделе природно-очаговых инфекций ФГБНУ НЦ ПЗСРЧ создано новое структурное подразделение, в состав которого вошли лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусов и генетической диагностики.
В лаборатории проводятся фундаментальные и прикладные исследования по изучению генетической изменчивости и эволюции вируса клещевого энцефалита в природных очагах евроазиатского ареала. А также проводятся работы в области молекулярной эпидемиологии других возбудителей, передаваемых через укус клеща (боррелии, эрлихии, неоэрлихии, анаплазмы, риккетсии, бабезии, B. miyamotoi). Изучается влияние генетической вариабельности возбудителей на эффективность диагностики и профилактики клещевых инфекций.
В международную электронную базу данных GenBank при участии сотрудников лаборатории депонированоболее 150 нуклеотидных последовательностей штаммов вируса клещевого энцефалита, Ananplasma phagocytophilum, Candidatus Neoehrlichia mikurensis, бабезий. В Государственную коллекцию вирусов при институте вирусологии имени Д.И. Ивановского депонировано 133 штамма вируса клещевого энцефалита.

Опубликовано 9 монографий (в том числе 2 зарубежные), более 250 печатных работ.

В настоящее время лаборатория выполняет следующие задачи:

● Мониторинг природных и антропургических очагов клещевого энцефалита на территории Восточной Сибири.
● Выявление эколого-географических основ генетической вариабельности вируса в пределах ареала.
● Изучение эволюции и таксономии вируса клещевого энцефалита.
● Исследование взаимосвязи генетической характеристики штаммов вируса клещевого энцефалита с формой и тяжестью вызываемого ими заболевания.
● Изучение влияния генетической гетерогенности вируса на эффективность диагностики и профилактики.
Разработка рекомендаций для конструирования вакцин и диагностикумов нового поколения с учетом новых знаний о генетической вариабельности вируса клещевого энцефалита и его географического распространения.
● Уточнение вклада различных генотипов боррелий в развитие иксодовых клещевых боррелиозов в Прибайкалье. Детекция Borrelia miyamotoi в клещах на территории различных районов Иркутской области.
● Изучение генетического разнообразия риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки.
● Совершенствование методов выявления и генотипирования риккетсий.
● Уточнение роли риккетсий новых генотипов в региональной инфекционной патологии.
● Поисковые исследования по обнаружению новых для Восточной Сибири инфекций, передающихся с укусом клеща – моноцитарного эрлихиоза и гранулоцитарного анаплазмоза человека (МЭЧ и ГАЧ).
● Изучение экологии возбудителей и их генетической вариабельности.
● Уточнение ареала этих инфекций на территории Прибайкалья.
● Изучение вопросов клинической и дифференциальной диагностики эрлихиозов и анаплазмозов с другими заболеваниями, передаваемыми через укус клеща.
● Разработка методов экстренной диагностики и профилактики МЭЧ и ГАЧ.
● Исследование генетического разнообразия выявленных эрлихий и анаплазм.
● Проведение исследований по поиску резервуарных хозяев представителей семейства Anaplasmatacea на территории Иркутской области.
● Проведение исследований по поиску очагов бабезиоза на территории Иркутской области и Республики Алтай.
● Изучение видовой и генетической вариабельности бабезий.
● Выявление основных переносчиков и резервуарных хозяев бабезий на территории Прибайкалья.
● Оценка инфицированности крупного и мелкого рогатого скота, лошадей представителями отряда Piroplasmida.

Поддержка исследований (гранты, контракты)

● Грант РНФ «Сравнительный геномный и биоинформационный анализ штаммов европейского генотипа вируса клещевого энцефалита, циркулирующего в экосистемах Сибири и Западной Европы», № заявки14-15-00615 (2014-2016 гг.);
● Проект «Разработка комплекса программного обеспечения для моделирования физико-химических и биологических свойств антигенных эпитопов белков разных генотипов вируса клещевого энцефалита» по Программе фундаментальных исследований по стратегическим направлениям развития науки Президиума РАН №1 «Фундаментальные проблемы математического моделирования»;
● Грант РФФИ мол_а №14-04-32375 «Изучение генетического разнообразия гемопаразитов рода Babesia на территории Сибири на основе маркерного гена 18S рРНК» (2014-2015 гг.).

Сотрудничество с российскими и зарубежными организациями

1. Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, г. Новосибирск;
2. Institute of Parasitology, Biology Centre of the Czech Academy of Sciences, České BuděJovice;
3. Иркутский государственный медицинский университет;
4. ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», г. Новосибирск;
5. ФБУН Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора;
6. ФГБУН Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук;
7. Bundeswehr Institute of Microbiology, Munich, Germany;
8. Преторийский Университет. ЮАР;
9. Московская государственная академия ветеринарной медицины и биотехнологии имени К.И.Скрябина;
10. Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Иркутская государственная сельскохозяйственная академия";
11. Федеральное бюджетное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии в Иркутской области»;
12. Служба ветеринарии Иркутской области.

Докторская диссертация:

1. Научное обоснование и пути совершенствования экстренной диагностики и профилактики трансмиссивных клещевых инфекций в условиях сочетанности природных очагов, дисс. .докт. мед. наук, 14.00.30 – эпидемиология (Козлова И.В., 2008).

Кандидатские диссертации:

1. Молекулярно-эпидемиологический и филогенетический анализ генетической гетерогенности популяций вируса клещевого энцефалита на азиатской территории России, дисс... канд. биол. наук: специальности: 14.00.30 - эпидемиология, 03.00.06 – вирусология (Джиоев Ю.П., 2003);
2. Эколого-паразитологическая характеристика клещевого боррелиоза в Прибайкалье, канд. дис…биол. Наук: 03.0016 – экология (Сунцова О.В.);
3. Распространение и генетическая вариабельность бактерий семейства Anaplasmataceae в сочетанных природных очагах клещевых инфекций Иркутской области дис. . канд. биол. наук: 03.02.03 - микробиология (Дорощенко Е.К., 2013).

Выполняемые кандидатские диссертации:

1. «Комплексная характеристика уникального сочетанного очага трансмиссивных клещевых инфекций на территории Иркутской области» на соискание ученой степени кандидата биологических наук по специальности: 03.02.08 - «экология» (Лисак О.В.):
2. «Результаты рекогносцировочных исследований по обнаружению очагов бабезиоза на территории Иркутской области» на соискание ученой степени кандидата биологических наук по специальностям: 03.02.03- «микробиология»(Федулина О.О.).

Повышение квалификации:

1. Сертификат о прохождении обучения на базе Научно-производственной лаборатории по разработке и производству препаратов для диагностики инфекционных заболеваний человека и животных Отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора по теме «Диагностика инфекционных заболеваний методом полимеразной цепной реакции» (72 часа), выдан Сунцовой Ольге Владимировне 23 января 2015 г.
2. Сертификат о прохождении обучения на базе Научно-производственной лаборатории по разработке и производству препаратов для диагностики инфекционных заболеваний человека и животных Отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора по теме «Диагностика инфекционных заболеваний методом полимеразной цепной реакции» (72 часа), выдан Лисак Оксане Васильевне 23 января 2015 г.
3. Сертификат о прохождении обучения на базе Научно-производственной лаборатории по разработке и производству препаратов для диагностики инфекционных заболеваний человека и животных Отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора по теме «Диагностика инфекционных заболеваний методом полимеразной цепной реакции» (72 часа), выдан Дорощенко Елене Константиновне 23 января 2015 г.
4. Удостоверение о повышении квалификации №382490568492 регистрационный номер 1951 по программе ОУ «Эпидемиология» в объеме 288 часа (с 24 марта 2014 г. по 17 мая 2014 г.) на базе ГБОУ ДПО ИГМАПО Минздрава России Козловой И.В.
5. Удостоверение о повышении квалификации №382490568496 регистрационный номер 1955 по программе ОУ «Эпидемиология» в объеме 288 часа (с 24 марта 2014 г. по 17 мая 2014 г.) на базе ГБОУ ДПО ИГМАПО Минздрава России Лисак О.В.
6. Удостоверение о повышении квалификации №382401800120 регистрационный номер 5364 по программе ОУ «Бактериология» в объеме 216 часов (с 27 октября 2014 г. по 6 декабря 2014 г.) на базе ГБОУ ДПО ИГМАПО Минздрава России Лисак О.В.
7. Удостоверение о повышении квалификации №382490568488 регистрационный номер 1947 по программе ОУ «Эпидемиология» в объеме 288 часа (с 24 марта 2014 г. по 17 мая 2014 г.) на базе ГБОУ ДПО ИГМАПО Минздрава России Дорощенко Е.К.
8. Удостоверение о повышении квалификации №382401800126 регистрационный номер 5370 по программе ОУ «Бактериология» в объеме 216 часов (с 27 октября 2014 г. по 6 декабря 2014 г.) на базе ГБОУ ДПО ИГМАПО Минздрава России Сунцовой О.В.
9. Удостоверение о повышении квалификации №382490568413 регистрационный номер 1964 по программе ОУ «Эпидемиология» в объеме 288 часа (с 24 марта 2014 г. по 17 мая 2014 г.) на базе ГБОУ ДПО ИГМАПО Минздрава России Сунцовой О.В.
10. Сертификат по специальности «Эпидемиология» №0338240116728 регистрационный номер 3722, дата выдачи 17 мая 2014 г. сроком на 5 лет (Козлова И..В.)
11. Сертификат специалиста по специальности «Бактериология» А №2545289, дата выдачи 11 декабря 2010 г. сроком на 5 лет (до 11 декабря 2015 г.) (Козлова И.В.)
В настоящее время в лаборатории работают: руководитель лаборатории, д.м.н. - И.В. Козлова; старший научный сотрудник, к.б.н. - Ю.П. Джиоев; научный сотрудник, к.б.н. - О.В. Сунцова; научный сотрудник, к.б.н. - Е.К. Дорощенко; младший научный сотрудник - О. В. Лисак; младший научный сотрудник - О.О. Федулина; лаборант-исследователь - А.И. Парамонов; лаборанты – Щепина Мария и Сизенова Крестина.