Сотрудники ФГБНУ НЦ ПЗСРЧ были награждены Почетными грамотами Российской академии наук, Почетными грамотами Сибирского отделения РАН, Благодарственными письмами Министерства здравоохранения Иркутской области, Почётными грамотами Межрегионального управления Росприроднадзора по Иркутской области и Байкальской природной территории. Ряду сотрудников присуждены Почётные звания «Заслуженный ветеран Сибирского отделения РАН».
Также коллектив Научного центра был отмечен Юбилейными медалями, выпущенными в связи с 30-летием Института педиатрии и репродукции человека.
